Na území CHKO Brdy se v současnosti nachází 11 maloplošně zvláště chráněných území, 6 přírodních rezervací a 5 přírodních památek. Osm jich leží v jižních Brdech, na Třemšínsku, a chráníme v nich zejména zachovalé a přírodě blízké lesní porosty, ale také skalní výchozy a kamenná moře. V severní části oblasti, v bývalém vojenském újezdu, najdeme tři maloplošně chráněná území. Další území plánujeme vyhlásit v následujících letech a předměty ochrany by měly být paleontologická naleziště, podmáčené i suché trávníky, skalní útvary i přírodě blízké lesy.

 Přírodě blízký les v PR Na skalách. Foto: Bohumil Fišer
 Skalní výchoz s kamenným mořem v PP Jindřichova skála. Foto: Bohumil Fišer
 Mechy v PR Fajmanovy skály a Klenky. Foto: Bohumil Fišer