CHKO Moravský kras je rozčleněna do čtyř zón ochrany přírody, které stanovují základní podmínky, co a za jakých podmínek je možné na daném místě dělat.

mapová aplikace zonce CHKO s možností vyhledání parcel

I. zóna 

Do první zóny byla zařazena všechna vyhlášená maloplošná zvláště chráněná území (národní přírodní rezervace, přírodní rezervace a národní přírodní památky). Dále pak plochy přírodně nejhodnotnějších částí Moravského krasu a plochy nad jeskyněmi a v bezprostředním okolí závrtů. 

II. zóna

Do druhé zóny byla zařazena území většího rozsahu s významnými přírodními hodnotami, která nejsou chráněna formou maloplošných zvláště chráněných území. Patří sem lesní porosty s přírodě blízkou druhovou skladbou, lesní porosty nad jeskyněmi, louky, pastviny a remízky.

III. zóna

Sem byly zařazeny plochy zemědělsky obdělávaných pozemků, dále lesní porosty s nepůvodní nebo výrazně pozměněnou druhovou skladbou. Tato území mají menší přírodní hodnotu, ale jsou významná pro doplnění celého systému významných biotopů v chráněné krajinné oblasti.

IV. zóna 

Tato zóna je tvořena souborem historicky pozměněných a člověkem využívaných ploch a sídel. Byla sem zařazena současně zastavěná území jednotlivých sídel a též zastavitelná území tak, jak jsou vymezena podle platných územních plánů.